空气净化系统可有效地对实验动物房的空气进行除菌、除臭处理，但能耗大。
1)利用活性炭除臭活性炭是一种多孔材料，每克约有l500-2000m2的表面积。活性炭过滤器就是利用如此大的表面积来吸附空气中的臭气分子的。因此，控制实验动物房内的臭气，除采用输入室外新鲜空气对室内臭气进行稀释外，还可以利用活性炭除臭。
实验动物房的空调净化系统多采用全新风方式。为了降低能耗，节省费用，也可采用部分回风的空调净化方式，设置活性炭过滤器，用以除去回风和排风中的臭气。在选择活性炭过滤器时，很难根据需除去的臭气量来计算活性炭用量。活性炭的使用量一般根据经验确走。活性炭过滤器的使用寿命随使用条件的不同而异，一般1～1.5年需要更换一次。
2)利用氯化锂水溶液除湿、杀菌氯化锂水溶液同时具有除湿和杀菌功能。把氯化锂水溶液雾化喷入空气中，可同时对空气进行除湿和杀灭浮游菌的处理。这种方式多用于室内温度较低，潜热负荷较大的场合。
3)利用三甘醇蒸汽杀菌把三甘醇加热，“生的蒸汽送入室内，与室内空气混合。净化工程室内空气中的浮游微生物接触到这种混合气体就不再具有活性了。利用这种方法能有效地杀除肺炎菌、链状球菌、葡萄球菌等。但如果室内相对湿度较高，将会使其杀菌效果减弱。
目前还没有该方法的定量数据。
4)利用紫外线灯灭菌紫外线照射可对室内空气及污染表面产生杀菌、消毒作用。紫外线杀菌机理尚未完全了解。有人提出紫外线可对细胞质组成单位造成衰变的所谓“热点”效应(“Heat Point”effect)”“。紫外线是一种低能的电磁辐射，穿透力较差，其有效消毒杀菌范围是紫外线灯管周围1. 5m以内，且需照射时间长于半小时。
由于照射范围和照射时间的限制，而且，还要考虑紫外线灯对动物长时间照射会产生伤害，因此，紫外线灯只能作为一种辅助的灭菌设施，安装在室内的角落或顶棚等处